Ответ в теме: Православная инквизиция в России.

[Аноним]

Если была казнена за сопротивление властям, то почему церковь предала ее анафеме и объявила ведьмой?

Как вариант.
Государь — это помазанник (власть от Бога). Сопротивление властям в его лице, есть хула на Бога. А за хулу — анафема.